La Alcaldía Distrital es el órgano de Gobierno Local. El Alcalde es el representante legal de la Municipalidad y su máxima autoridad administrativa. Le compete ejercer las funciones ejecutivas del Gobierno Municipal señaladas en el Ley Nº 27972 “Ley Orgánica de Municipalidades” y demás disposiciones legales vigentes.
La Gerencia Municipal es el órgano responsable de dirigir la administración municipal, de conducir y articular el planeamiento, organización, ejecución, evaluación y supervisión de las acciones y actividades que se desarrollan en la Municipalidad Distrital de Chavín de Huantar, de acuerdo a las políticas de gestión dispuestas por el Despacho de Alcaldía y el Consejo Municipal, dentro del marco de los dispositivos legales vigentes.
La Gerencia de Asesoría Jurídica, es el órgano encargado de brindar asesoramiento y emitir opinión legal en asuntos jurídicos y normativos requeridos por la Alta Dirección y las unidades orgánicas de la Municipalidad Distrital de Chavín de Huantar, proponiendo, formulando, evaluando y/o visando los proyectos de normas y documentación de carácter institucional, así como en la interpretación y aplicación de las disposiciones legales que sean sometidos a su consideración.
La Gerencia de Administración de apoyo encargado de Planificar, organizar, dirigir, ejecutar y controlar las actividades relacionadas con el uso de los recursos económicos y financieros de la Municipalidad y del abastecimiento de bienes, servicios y la atención de los servicios internos; así como administrar los bienes inmuebles que constituyen el patrimonio de la Municipalidad.
La Gerencia de Planeamiento y Presupuesto es el órgano de asesoramiento responsable de coordinar, planificar, organizar, dirigir, supervisar y evaluar los sistemas administrativos de: presupuesto, inversión pública y racionalización; así como los procesos de planeamiento, cooperación técnica internacional.